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            博客專欄

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            雜交土豆問(wèn)世!曾獲袁隆平親自指導(dǎo),中國(guó)科學(xué)家通過(guò)基因組設(shè)計(jì)突破育種難題 | 專訪

            發(fā)布人:深科技 時(shí)間:2021-06-26 來(lái)源:工程師 發(fā)布文章

            “我在湖南的一個(gè)農(nóng)場(chǎng)長(zhǎng)大。改革開(kāi)放以后包產(chǎn)到戶,家里一直種植水稻,有一年水稻產(chǎn)量突然提高一倍,我很吃驚并問(wèn)父親這是怎么回事,父親說(shuō)種了袁隆平的雜交水稻品種。因此我從事農(nóng)業(yè)科研一定程度上受到袁老的影響?!? 月 26 日,剛在 Cell 發(fā)表 “雜交土豆里程碑論文” 的中國(guó)農(nóng)科院農(nóng)業(yè)基因組研究所黃三文研究員,向 DeepTech 講述了自己的從農(nóng)歷程。




            兩天前,其擔(dān)任通訊作者的論文《雜交土豆的基因組設(shè)計(jì)》(Genome design of hybrid potato)一經(jīng)發(fā)表,便引起了不小的轟動(dòng),這不僅是因?yàn)榧夹g(shù)難度,更因?yàn)殡s交土豆很容易讓人聯(lián)系到袁隆平的雜交水稻。




            而黃三文也確實(shí)在 2020 年拜訪過(guò)袁老,袁隆平很贊賞他開(kāi)展的 “優(yōu)薯計(jì)劃”,并題詞 “馬鈴薯雜交種子繁殖技術(shù)是顛覆性創(chuàng)新,將帶來(lái)馬鈴薯的綠色革命”。


            黃三文團(tuán)隊(duì)啟動(dòng)的 “優(yōu)薯計(jì)劃 “是運(yùn)用 “基因組設(shè)計(jì)” 的理論和方法體系培育雜交馬鈴薯,用二倍體育種替代四倍體育種,并用雜交種子繁殖替代薯塊繁殖。目前已培育出了第一代高純合度(>99%)二倍體馬鈴薯自交系和雜交優(yōu)勢(shì)顯著的雜交馬鈴薯品系 “優(yōu)薯 1 號(hào)”。




            可解決塊莖運(yùn)輸問(wèn)題


            黃三文告訴 DeepTech,土豆是無(wú)性繁殖,它的繁殖器官就是塊莖,一個(gè)土豆有好幾個(gè)芽,把土豆切成幾塊,每塊上面都有一個(gè)芽,種到地里面等它長(zhǎng)出一個(gè)完整的植株然后再結(jié)薯塊。相比種子,塊莖的體積很大,種一畝土豆需要 200 公斤種薯,儲(chǔ)運(yùn)很不方便。


            此外,由于種薯是鮮活的器官,很容易感染上病蟲(chóng)害,因此要經(jīng)歷脫毒的步驟,期間會(huì)耗費(fèi)巨大的人力物力。而種子是一個(gè)自我凈化的過(guò)程,很少有病害可通過(guò)種子傳播,種一畝土豆也只需 2 克種子。


            假設(shè),想在非洲種植一億畝土豆為例,由于天氣炎熱,當(dāng)?shù)責(zé)o法生產(chǎn)種薯,因此必須從其他地方運(yùn)過(guò)去,那么就需要兩千萬(wàn)噸種薯,這時(shí)必須得用船運(yùn),但會(huì)導(dǎo)致還未達(dá)到目的地,種薯就壞掉了。如果使用種子則只需兩百噸,這意味著一趟飛機(jī)就能運(yùn)過(guò)去,從而讓糧食安全更有保障。




            非洲以木薯為主食,當(dāng)?shù)叵奶旆N植木薯。如果冬天種植一億畝地的土豆,估計(jì)可滿足非洲人口半年的口糧。在全球范圍內(nèi),13 億人口把土豆作為主糧之一,因此土豆是非常有前途的作物。


            多數(shù)人吃的土豆,都是從歐洲土豆培育出的口味,風(fēng)味比較寡淡?!皟?yōu)薯 1 號(hào)” 的 “血緣” 來(lái)自南美,因此口感很不錯(cuò)。胡蘿卜素的含量比較高,所以土豆顏色接近金黃色。


            2020 年 11 月 8 日,黃三文拜訪袁隆平院士,跟他談起正在做的雜交土豆。他們談到,當(dāng)前中國(guó)南方種植土豆,都要從內(nèi)蒙和東北調(diào)用種薯,因?yàn)槟壳暗姆N薯只能在氣候較冷的地方生產(chǎn)。


            基于此,袁隆平認(rèn)為該技術(shù)至少應(yīng)該叫雜交馬鈴薯種子技術(shù),因?yàn)樗芙鉀Q兩大問(wèn)題:


            其一,利用中國(guó)南方冬閑地種植土豆,來(lái)給中國(guó)糧食安全增加一層保障,即在當(dāng)年 11 月種完水稻到來(lái)年的 3 月份,由于光熱條件這四個(gè)月時(shí)間無(wú)法種植水稻,但可以種植喜歡冷涼環(huán)境的土豆;其二,有了雜交土豆種子,也可解決種薯調(diào)運(yùn)難、脫毒費(fèi)用大的問(wèn)題。


            一顆雜交土豆的 “孕育”


            本次研究前,該團(tuán)隊(duì)還解決了兩個(gè)難題,第一個(gè)難題是二倍體的土豆在自花授粉后不能形成種子,因?yàn)樗嬖谧越徊挥H和的強(qiáng)制異交的生物學(xué)機(jī)制。他們通過(guò)基因編輯、篩選突變體、導(dǎo)入野生基因等幾種方式后,均獲得成功。


            這等于打破了自交不親和的現(xiàn)象,這是土豆即可進(jìn)行自交,相關(guān)論文于 2018 年發(fā)表在Nature Plants。




            第二個(gè)難題叫自交衰退,這其實(shí)和人類一樣,人類不能近親結(jié)婚就是因?yàn)殡[性有害基因可能會(huì)純合,就會(huì)形成遺傳病。而土豆的隱性有害基因含量更多,由于進(jìn)行長(zhǎng)期的無(wú)性繁殖,野生土豆是兩套基因,栽培土豆是四套基因,四套基因中只要有一個(gè)基因是好的,另外三個(gè)基因由于是隱性突變,因此看不出來(lái)效果。但是在自交的過(guò)程中,隱性基因會(huì)重合,進(jìn)而帶來(lái)不利效果。


             Cell 發(fā)表本次文章之前,該團(tuán)隊(duì)在 Nature Genetics 曾發(fā)表兩篇論文,來(lái)分析有害突變?cè)谕炼够蚪M中的分布情況。


            他們最終得出兩個(gè)主要結(jié)論:


            第一,有害突變?cè)谕炼苟扼w中,是以鑲嵌的形式分布在兩套基因組上面,也就是說(shuō)有害突變并非全部在一套基因組上、或者集中在基因組上的某些區(qū)域,這意味著無(wú)法完全通過(guò)重組去淘汰所有有害突變。


            第二,有害突變非常具有個(gè)體特異性,每一個(gè)材料的有害突變都不一樣。如果用不同材料培育自交系土豆,雖然自交系都攜帶了有害突變,但是在 F1 種子中,因?yàn)橛胁煌耐蛔儯蔷涂梢赃M(jìn)行互補(bǔ)。因此,F(xiàn)1 種子中不會(huì)展示出這些突變。當(dāng)然,必須首先淘汰掉起著主要效應(yīng)的有害突變,因?yàn)榇笮?yīng)有害突變會(huì)使親本表現(xiàn)不好。


            有了上述兩大結(jié)論的支持,本次 Cell 論文則詳細(xì)介紹了如何選擇材料、如何淘汰有害突變、如何打破有害突變和優(yōu)良基因的連鎖、如何選擇親本。


            研究成果比荷蘭團(tuán)隊(duì)的更好


            2005 年,黃三文開(kāi)始研究土豆基因測(cè)序。與此同時(shí),荷蘭也開(kāi)始研制雜交土豆,并在 2011 年發(fā)表相關(guān)論文。



            2011 年,他完成了基因組序列圖,以通訊作者身份在 Nature 發(fā)表了相關(guān)論文,并已具備對(duì)有害突變的初步認(rèn)識(shí),這時(shí)就能在基因組的指導(dǎo)下研究雜交土豆。


            2013 年,該團(tuán)隊(duì)在《中國(guó)馬鈴薯》雜志上發(fā)表論文,提出通過(guò)基因組設(shè)計(jì)開(kāi)展雜交馬鈴薯育種的思路。兩年后,美國(guó)團(tuán)隊(duì)也開(kāi)始發(fā)表關(guān)于雜交土豆的相關(guān)文章。


            也就是說(shuō),中荷雙方團(tuán)隊(duì)基本同時(shí)開(kāi)始對(duì)雜交土豆產(chǎn)生興趣,但荷蘭的研究起步更早。2020 年,經(jīng)過(guò)十幾年的研究,荷蘭團(tuán)隊(duì)發(fā)表了關(guān)于二倍體馬鈴薯自交系的新論文,但是基因組的純度只有 80%。


            每個(gè)土豆平均有 4 萬(wàn)個(gè)基因,平均 20% 的基因組就有 8000 個(gè)基因。如果另一個(gè)親本也有 20% 的雜合度,那就有 16000 個(gè)基因分離,這樣雜交種就分離太大了。


            黃三文說(shuō),選定一個(gè)品種通常有三個(gè)標(biāo)準(zhǔn),其一是獨(dú)特性,其二是穩(wěn)定性,其三是整齊一致性。故此,荷蘭團(tuán)隊(duì)的品種并不符合標(biāo)準(zhǔn),因?yàn)闀?huì)阻礙商業(yè)推廣。


            對(duì)比來(lái)看,荷蘭團(tuán)隊(duì)耗時(shí)十幾年培育出的雜交土豆的基因組純度不高,而黃三文團(tuán)隊(duì)的雜交土豆基因組純度已達(dá) 99%,他認(rèn)為這是因?yàn)楹商m團(tuán)隊(duì)對(duì)基因組有害突變的理解和淘汰力度還不夠所致。


            肯定會(huì)最先在國(guó)內(nèi)推廣該技

            據(jù)悉,該團(tuán)隊(duì)計(jì)劃在 15 年后,解決雜交土豆的系列問(wèn)題,以實(shí)現(xiàn)全面產(chǎn)業(yè)化。其中,種子生產(chǎn)是最重要的環(huán)節(jié)之一。


            他告訴 DeepTech,雜交制種分為母本和父本,去除母本的雄蕊,然后把父本的花粉授粉到母本的柱頭上,即可獲得 F1 的種子。



            他說(shuō)肯定不能用人工去雄的方式,而是要采用不育系母本。相比水稻,土豆只有兩個(gè)系,即不育系和保持系,而未來(lái)他們有可能采用昆蟲(chóng)授粉。


            黃三文表示,肯定會(huì)最先在國(guó)內(nèi)推廣該技術(shù)。中國(guó)有 18 億畝田地,主要用來(lái)種植水稻、小麥和玉米,由于沒(méi)有太多土地來(lái)種植大豆,因此中國(guó)每年進(jìn)口約一億噸大豆、以及兩三千萬(wàn)噸的玉米和小麥。之所以進(jìn)口大豆,是因?yàn)樗峁┑娘暳系鞍?,是?dòng)物飼料的重要組成部分。


            而該團(tuán)隊(duì)正在培育的雜交土豆,有望做飼料專用的品種。假如將來(lái)在華南推廣雜交土豆時(shí),冬閑地面積較大,那么就可把土豆做成飼料。


            現(xiàn)代土豆品種含有 18% 左右的干物質(zhì),種質(zhì)資源中則有接近 50% 的干物質(zhì)含量。因?yàn)?,他們?jì)劃培育專門(mén)飼用土豆品種,目標(biāo)干物質(zhì)含量達(dá)到 30%,蛋白含量則希望從 2% 達(dá)到 5%。



            土豆蛋白是非常優(yōu)質(zhì)的蛋白,做飼料絕對(duì)沒(méi)問(wèn)題。目前,湖南和云南等地的農(nóng)戶,一旦土豆產(chǎn)量有盈余,就會(huì)拿來(lái)喂豬。如果雜交土豆可用作飼料,即可替代部分大豆和玉米的進(jìn)口。


            談及研究中難忘的事情,黃三文說(shuō)必須表?yè)P(yáng)本次論文的第一作者張春芝。他說(shuō)當(dāng)初立項(xiàng)時(shí),團(tuán)隊(duì)在土豆方面并沒(méi)有太多積累。大約 7 年前,黃三文和張春芝溝通完雜交土豆研究計(jì)劃后,后者勇敢接受了該任務(wù)。


            大概研究五年左右,他們終于于 2018 年在發(fā)了首篇雜交土豆的相關(guān)研究論文。而現(xiàn)在,張春芝已經(jīng)是基因組所的研究員,2020 年還當(dāng)了優(yōu)青。


            受袁隆平啟發(fā)從事農(nóng)業(yè),留學(xué)荷蘭畢業(yè)后歸國(guó)


            黃三文說(shuō),他在中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)讀書(shū)時(shí)見(jiàn)過(guò)袁隆平,當(dāng)時(shí)后者曾來(lái)到農(nóng)大講課。他也看過(guò)雜交水稻紀(jì)錄片《從三系到一系》,當(dāng)然那時(shí)還沒(méi)想到用雜交水稻的方法做土豆。




            碩士畢業(yè)后,黃三文進(jìn)入中國(guó)農(nóng)科院蔬菜花卉研究所做助理研究員。2000 年,他出國(guó)到荷蘭瓦赫寧根大學(xué)讀博,學(xué)習(xí)土豆抗病基因克隆。


            其導(dǎo)師埃弗特·雅各布森(Evert Jacobsen)和理查德·維瑟(Richard Visser)是國(guó)際馬鈴薯基因組計(jì)劃的發(fā)起人,在該計(jì)劃的發(fā)起早期,他就參與謀劃并領(lǐng)取相關(guān)任務(wù),即對(duì)土豆的 11 號(hào)染色體進(jìn)行測(cè)序。


            2004 年回國(guó)前,一位老師把一篇關(guān)于雜交玉米育種歷史的論文(《1930 年代的生物技術(shù)》)發(fā)給他,受到該文章的啟發(fā),他在想是否能把土豆從塊莖繁殖變?yōu)殡s交種子繁殖。


            當(dāng)時(shí)還覺(jué)得是異想天開(kāi),土豆存在很多有害突變,自交以后會(huì)出現(xiàn)衰退,要想知道有害突變的分布規(guī)律,就必須知道基因組。


            而正如前文所述,后來(lái)他完成了系列研究,并有了今天的成果。值得注意的是,在本論文中黃三文特別向袁隆平表示了致敬,感謝了他對(duì)于雜交土豆研究的啟發(fā)和鼓勵(lì)。



            如今,深圳在大鵬新區(qū)給他了兩千畝試驗(yàn)地,他認(rèn)為鄉(xiāng)村振興不能只靠農(nóng)村,也要靠城市的科技支持。他說(shuō),在深圳做農(nóng)業(yè)科技優(yōu)勢(shì)很大,當(dāng)?shù)刂С秩瞬欧浅=o力,各種硬件也非常好,因此他非常鼓勵(lì)更多有志之士來(lái)深圳搞農(nóng)業(yè)科研。


            -End-

            參考:

            https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.006


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            關(guān)鍵詞: 基因組設(shè)計(jì)

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