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            韓春雨NgAgo實驗結(jié)果爭議能否逆轉(zhuǎn):先看這四個問題

            作者: 時間:2017-02-09 來源:澎湃新聞 收藏
            編者按:如果諾維信不在NgAgo的基因編輯方面給出可重復(fù)依據(jù),它在NgAgo上的合作并不會影響《自然-生物技術(shù)》在調(diào)查韓春雨NgAgo論文可重復(fù)性時的判斷。

              過去的幾周,河北科技大學(xué)副教授韓春雨再一次成為生物學(xué)術(shù)圈的熱點。

            本文引用地址:http://www.biyoush.com/article/201702/343744.htm

              先是韓春雨提交新數(shù)據(jù)(編注:非原始數(shù)據(jù)),1月19日午間《自然-生物技術(shù)》發(fā)表聲明將進行調(diào)查研究后再做下一步?jīng)Q定。緊接著,當(dāng)天下午河北科技大學(xué)宣布和諾維信公司就簽署合作協(xié)議,諾維信稱探索在生產(chǎn)酶的微生物表達系統(tǒng)中的作用。學(xué)術(shù)圈內(nèi),1月20日,韓國基礎(chǔ)科學(xué)研究所基因編輯中心金鎮(zhèn)洙(Jin-Soo Kim)團隊在預(yù)印本網(wǎng)站上發(fā)表新論文,稱NgAgo不能切割DNA,只能切割RNA。

              有讀者提出問題:密集的新聞動態(tài)背后,圍繞韓春雨NgAgo論文展開的爭議是否出現(xiàn)了“逆轉(zhuǎn)”?

            韓春雨NgAgo實驗結(jié)果爭議能否逆轉(zhuǎn):先看這四個問題

              在做出判斷之前,有4個焦點問題需要厘清,筆者梳理如下:

              焦點1:對韓春雨NgAgo論文的質(zhì)疑是什么?

              2016年5月2日,韓春雨課題組在《自然-生物技術(shù)》上發(fā)表NgAgo技術(shù)的論文。自去年7月起,關(guān)于NgAgo實驗無法重復(fù)的質(zhì)疑聲漸起,并隨著前后發(fā)表在《蛋白質(zhì)與細胞》、《自然-生物技術(shù)》的質(zhì)疑性評論文章而達到高潮。直至今日,“實驗無法重復(fù)”仍然橫亙在NgAgo成為“基因剪刀”的路上。

              針對NgAgo技術(shù)的質(zhì)疑是限于特定范圍的,劃定范圍邊界的是韓春雨發(fā)表的NgAgo論文。在論文中,韓春雨報告稱,他在哺乳細胞系統(tǒng)中使用NgAgo技術(shù),以DNA為向?qū)?,對DNA雙鏈進行了高效的切割。“哺乳細胞”、“高效”、“切割DNA”,這都是韓春雨的NgAgo論文必不可少的關(guān)鍵詞。沒有這些關(guān)鍵詞,NgAgo難以登上具有40多個影響因子的國際期刊《自然-生物技術(shù)》,沒有這些關(guān)鍵詞,NgAgo也不會引來全球?qū)嶒炇覍λ臓幭嘣囼灐?/p>

              之所以這么說,是因為Ago蛋白酶具有基因編輯的潛力早在2014年便被荷蘭科學(xué)家約翰·范德歐斯特(John van der Oost)所證實,只不過Ago家族的酶大多需要在60攝氏度以上的環(huán)境中有活性,這意味著在哺乳細胞中沒有實用性,無法為人類所用。再者,第三代基因編輯技術(shù)CRISPR在實驗室的表現(xiàn)良好,如果一項技術(shù)不如CRISPR高效,這項技術(shù)也無法帶來突破。

              總結(jié):對韓春雨NgAgo論文的質(zhì)疑,是按照論文中的實驗操作,無法實現(xiàn)在哺乳細胞中高效的基因編輯。

              焦點2:基因敲低、RNA干擾,NgAgo的這些新發(fā)現(xiàn)和韓春雨論文的關(guān)系是什么?

              對NgAgo蛋白酶的研究,沒有因為對韓春雨論文的可重復(fù)性質(zhì)疑而終止。除基因編輯功能之外,國內(nèi)外學(xué)者也在探究NgAgo的新特性。

              如果將這些新特性作為韓春雨NgAgo論文的延伸,并不恰當(dāng)。不管是南通大學(xué)和復(fù)旦大學(xué)發(fā)現(xiàn)NgAgo會使斑馬魚的特定基因敲低,還是韓國基礎(chǔ)科學(xué)研究所基因編輯中心金鎮(zhèn)洙發(fā)現(xiàn)NgAgo能切割RNA,他們都基于一個前提——否定了NgAgo能進行基因編輯,而這正是韓春雨在論文中的核心。

              值得一提的是,在此前的媒體報道中,韓春雨否定了其論文結(jié)果是假陽性的可能。在論文中,他也貼出了聲稱NgAgo實現(xiàn)基因編輯的實驗結(jié)果圖,并稱在40多個基因位點上實現(xiàn)編輯。

              基因編輯與基因敲低、RNA干擾看似接近,實則有著本質(zhì)的區(qū)別。

              從作用對象來說,基因編輯是對DNA“下手”,基因敲低、RNA干擾的目標(biāo)物則是RNA。DNA是負責(zé)引導(dǎo)生物發(fā)育與生命機能運作的“司令”,但具體的生物功能都由蛋白質(zhì)來執(zhí)行。所以,DNA需要先轉(zhuǎn)錄成為RNA,再通過RNA翻譯成蛋白質(zhì)。這個過程稱為基因表達,其中,RNA充當(dāng)了中介的角色。

              從作用效果來說,基因編輯從“質(zhì)”上讓基因無法表達,完全改變基因的表達;而基因敲低、RNA干擾則只是從“量”上讓基因減少表達。

              如果通過人為的方式,對RNA這個中介進行干擾,使得基因表達降低,只能完成一小部分的基因表達,讓蛋白質(zhì)無法正常工作,我們就將這一現(xiàn)象稱為“基因敲低”。如果是對DNA這個發(fā)號“司令”進行變動,使得基因的序列發(fā)生變化,那是更高級別的干預(yù),會完全改變基因表達,我們稱為“基因編輯”。

              總結(jié):與其說國內(nèi)外學(xué)者的兩項研究為韓春雨的NgAgo論文背書,還不如說這兩項新研究是探索韓春雨NgAgo實驗無法重復(fù)的原因,進一步揭示NgAgo無法進行基因編輯的機制。

              焦點3:Ago蛋白酶能切割RNA是首次發(fā)現(xiàn)嗎?

              金鎮(zhèn)洙在預(yù)印本網(wǎng)站BioRxiv上發(fā)表NgAgo的最新論文,在否定NgAgo可作為基因編輯工具的同時,認為它在RNA干擾或者基因沉默(PTGS)上是有發(fā)展?jié)摿Φ墓ぞ?。因此,?jù)《自然》雜志報道,金鎮(zhèn)洙已經(jīng)提交了通過NgAgo來進行基因沉默的專利。

              事實上,Ago家族的蛋白質(zhì)可以用于RNA干擾并不是學(xué)術(shù)界新鮮事。在2005年和2016年,Ago家族中的AaAgo和MpAgo前后被發(fā)現(xiàn)能以DNA為向?qū)?,切割RNA。NgAgo便是Ago家族成員之一。

              總結(jié):Ago家族的蛋白質(zhì)可以切割RNA并不新。

              焦點4:與諾維信的合作是為韓春雨NgAgo實驗的可重復(fù)性背書嗎?

              諾維信是工業(yè)酶制劑和微生物制劑的跨國龍頭企業(yè),它在商業(yè)領(lǐng)域的地位讓這場合作變得引人注目。

              但在核心的可重復(fù)性問題上,不管是河北科技大學(xué)還是諾維信,在對外的消息中都避而不提。

              同時,值得注意的是,雙方的合作內(nèi)容也與韓春雨論文中NgAgo的功能無關(guān)。

              河北科技大學(xué)說NgAgo在“真菌表達系統(tǒng)中已經(jīng)展現(xiàn)出潛力”,諾維信聲明稱想要探索NgAgo在“生產(chǎn)酶的微生物表達系統(tǒng)”上的可能。但兩者和韓春雨論文中所稱“NgAgo在哺乳細胞中進行高效地基因編輯”是不同的概念。

              根據(jù)諾維信2015年財報,家居護理占其33%的銷售比重,技術(shù)級酶及生物醫(yī)藥僅占7%。

              有人猜測,諾維信以工業(yè)酶為專長,此番合作是為探索如何生產(chǎn)純化的NgAgo蛋白酶。澳大利亞大學(xué)約翰?克汀醫(yī)學(xué)研究中心的基因?qū)W家加埃唐?布爾焦(Gaetan Burgio)在接受《自然》采訪時提到,諾維信有一項用于基因沉默的RNA干擾技術(shù),布爾焦推測諾維信與河北科技大學(xué)基因編輯技術(shù)研究中心可能是找到了一種更有效的方法來沉默基因。但依然,基因沉默和基因編輯是完全不同的兩碼事。



            關(guān)鍵詞: NgAgo

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